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HIGHLIGHTS

Doctoral training

Thesis students at the LIPM belong to the Toulouse doctoral school SEVAB (Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries). In addition to a thesis supervisor, each student also benefits from the assistance of a thesis committee which meets every year in the presence of the supervisor. Students also follow a number of additional training courses and must possess a basic knowledge of English. The doctoral school organizes yearly meetings for students to present their research projects, and the LIPM encourages students to attend at least one international congress during the course of their thesis.

SEVAB covers 23 research laboratories, and is divided into 6 research themes. The LIPM belongs to theme 5: Plant-Microbe Interactions. Thesis projects are proposed by the respective laboratories and open for competition organized by the doctoral school (for more information see the SEVAB web-site; thesis projects). Research groups can also accept thesis students from the “Ecoles Normales Supérieures”.

Masters and Ingénieur training

The LIPM welcomes a significant number of students each year (2-6 months training) from a variety of schools and universities, and in particular Masters students following the Microbiology-AgroBiosciences (MABS) courses at the Toulouse Paul Sabatier University. Other students come from the Institut National des Sciences Appliquées (INSA) or the Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie (ENSAT).

NEW ! 
 

Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques

Environnement de travail, missions et activités

Dans le contexte des changements climatiques, les modèles prédisent une accentuation de la fréquence et de l’intensité des événements météorologiques extrêmes [1]. Ces bouleversements climatiques modifient déjà les aires de répartition des espèces et le fonctionnement des écosystèmes [2]. Ils pourraient également contribuer à la réduction de la biodiversité naturelle [3], favoriser l'émergence de nouveaux bioagresseurs et accroître la fréquence et la gravité des épidémies [4, 5]. Les conditions thermiques, hydriques et de concentration en CO2 atmosphérique sont celles supposées changer le plus au cours des prochaines décennies [4, 6]. Ainsi, d’ici 2100, la température moyenne à la surface du globe pourrait augmenter de 2,7°C à 4,9°C et la concentration en CO2 atmosphérique passerait de 410 ppm à plus de 800 ppm.  Ces facteurs environnementaux affectent les organismes vivants, et par conséquent l’issue des interactions plante-bioagresseurs. De façon préoccupante, avec d’autres équipes, nous avons faisons le constat que la fluctuation des paramètres climatiques, comme par exemple l’hygrométrie et l’élévation des températures ambiantes, ont une incidence négative sur une majorité des résistances identifiées, et cela quelles que soient les espèces végétales et de pathogènes étudiés [7, 8]. Dans l’équipe, nous avons récemment montré que la principale résistance à la bactérie pathogène Ralstonia solanacearum chez Arabidopsis, conférée par la paire d’immunorecepteur RPS4/RRS1-R, et la tolérance à cette bactérie d’un des seuls cultivars de tomate commercialisé est inhibée ou altérée à des températures supérieures ou égales à 30°C [9,10]. Aussi, le faible nombre de résistances connues pour rester efficaces dans ces conditions et le manque de données permettant de comprendre les mécanismes à l’origine de l’altération de la majorité de réponses immunitaires des plantes face aux variations des paramètres climatiques rendent primordial l’identification et la caractérisation des bases génétiques de sources résistance robustes.

Pour répondre à cet objectif, un partenariat de recherche bilatéral entre INRAE et SYNGENTA a été développé par Richard Berthomé au LIPME dans l’équipe « Dynamisme des mécanismes de résistance et impact des changements globaux ». Les travaux que vous serez amené à effectuer s’inscrivent dans le cadre du projet CRISP, lui-même adossé au projet de thèse CIFRE RESILENCE. Il repose sur des résultats déjà obtenus, explorant la diversité génétique naturelle de réponse à R. solnacearum à température élevée d’une population d’accessions d’une espèce sauvage de tomate. Cette approche a permis d’identifier chez la tomate, par génétique d’association, les bases génétiques de résistance robustes à la bactérie, restant efficace en condition d’élévation de température.

Plus spécifiquement, votre objectif principal consistera à valider, chez la tomate, la fonction dans la résistance quantitative à R. solanacearum à température élevée de six à huit gènes candidats préalablement identifiés et sélectionnés. Vous devrez pour cela gérer le projet (gestion technique et financière), concevoir – réaliser - optimiser des expériences (clonage, transformation utilisant la technologie CRSIPR/Cas12, caractérisation des lignées transgéniques), participer aux choix des méthodologies / matériels / outils utilisés ou à développer (choix des génotypes et des allèles, définition des guides, phénotypage). Vous devrez assurer le transfert du matériel génétique chez notre partenaire (déplacements), suivre son acclimatation (en lien avec des agents) caractériser les lignées transgéniques (PCR, séquençage, analyse sur logiciels) et éventuellement assurer la formation et le transfert de compétences. Vous serez également amené, en fonction du temps disponible à participer à la caractérisation fonctionnelle de mutants d’Arabidopsis thaliana de gènes orthologues à ceux sélectionnés chez la tomate (inoculations, extraction ARN, RT-qPCR, phénotypage des plantes par inoculation de bactéries à deux températures, notation de symptômes, quantification de bactéries in planta).  Vous devrez consigner vos travaux dans un cahier d’expérimentation et présenter vos travaux lors de réunions de travail (toutes les deux semaines) ou lors de réunions d’équipe / avec notre partenaire (compte rendu / présentation orale).

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Connaissances théoriques souhaitées

Vous devrez avoir une solide formation en biologie moléculaire et biologie cellulaire, en statistique. Savoir travailler sous environnement R (lancer des routines, éventuellement, les écrire) ainsi qu’avoir des connaissances dans les domaines des bases moléculaires des réponses de défense des plantes aux agents pathogènes, des réponses aux stress abiotiques (thermique), de la biologie de l’agent pathogènes R. solanacearum seront un plus.

Compétences recherchées

(i) Création de plan d’expériences ; (ii) Culture et suivi des plantes in vitro et en serre, acclimatation de matériel transgénique ; (iii) transformation de plantes (idéalement tomate); (iv) expérimentations - test de résistance des lignées utilisées par inoculation avec R. solanacearum, notation des symptômes, quantification bactéries in planta ; (v) biologie moléculaire (extraction d’ADN, ARN, clonage gateway, PCR et RT-qPCR) ; (vi) bio-informatique (utilisation de logiciels dédiés à l’analyse de séquences/technologie CRISPR) ; (vii) affinité pour la communication /formation/transfert de compétences ; (viii) analyse de résultats, rédaction de rapports, création de diaporamas.

Plus d’information sur les activités principales, les connaissances, compétences pour ce type de poste (BAP A A2A42) sont disponibles en suivant le lien : https://data.enseignementsup-recherche.gouv.fr/pages/fiche_emploi_type_referens_iii_itrf/?refine.referens_id=A2A42#top.

  • Durée : 24 mois

  • Début du contrat : 01/04/2023

  • Rémunération : entre 2 104.91 € et 2 526.87 € brut mensuel

  • Date limite : 17/02/2023

  • Contact : Richard Berthomé 

 

Postulez : https://jobs.inrae.fr/ot-16880

 Pour toute candidature spontanée, envoyez vos demandes à :
 

Curriculum Vitae
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